阴茎变黑是由于阴茎皮肤出现色素沉着，有生理性原因也有病理性原因。

1、生理性原因。在男性生长发育中，由于雄性激素的刺激，男性的腋下、乳头、股沟、大腿根部、肛门、阴茎、包皮、阴囊等处的皮肤都会发生色素沉着，这是生理性改变，是正常的，但具体情况与人种、基因、生活习惯、外伤史等有关系。

2、病理性原因。但假如阴茎局部皮肤突然出现新发的色素沉着、黑痣变大、变形、溃疡、肿物、肉芽肿、菜花样改变、出血等情况时，建议到泌尿外科或男科专科就诊，排除性传播疾病、阴茎癌、黑色素瘤等疾病。